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En dehors de la gestion "classique" de ces matières organiques exposée ci-dessus, deux possibilités de traitement peuvent être envisagées : le co-compostage et la méthanisation.
• Expériences de co-compostage menées par la FRCUMA (cf. fiche biodéchets). Cette technique permet de composter un mélange de produits organiques de différentes natures et provenances (effluents d'élevage, végétaux de jardin).
• La méthanisation sur le site de production des effluents, appelée encore "méthanisation à la ferme", peut trouver un regain d'intérêt chez les agriculteurs, dans la mesure où la technique répond à trois exigences fortes :
- la mise aux normes réglementaires des bâtiments d'élevage et l'application de la directive européenne de 1991 sur les nitrates obligent les exploitants à s'équiper de matériel de traitement autonome de leurs déjections. De plus, la mise en place systématique de plans d'épandages cohérents et coordonnés pour les installations soumises au régime ICPE contraint les éleveurs à modifier la gestion des effluents bruts ou transformés après un traitement,
- une sensibilisation croissante des agriculteurs aux énergies nouvelles et renouvelables, ainsi qu'à l'utilisation rationnelle de l'énergie,
- les plaintes de voisinage et les conflits environnementaux locaux tendent à systématiser la désodorisation des lisiers préalablement à leur épandage.
Les avantages de la méthanisation sont multiples :
- la charge carbonée biodégradable est décomposée (dégradée) en méthane et gaz carbonique (1 tonne de matière organique dégradée donne entre 300 et 500 m3 de méthane),
- le méthane du biogaz permet de produire une énergie thermique ou électrique. Il est ainsi valorisé et permet d'éviter des émissions de gaz à effet de serre,
- la quantité de boues est réduite par rapport à un traitement biologique aérobie,
- le digestat est partiellement hygiénisé et désodorisé,
- le digestat ou le compost produit à partir du digestat, présentent un intérêt agronomique.
En 2006 , l'intérêt pour des installations de méthanisation en milieu agricole est de plus en plus important et de nombreuses études sont en cours surtout depuis la sortie de l'arrêté tarifaire du 26 juillet 2006 sur les coûts de rachat électrique. Au final, le tarif d'achat d'électricité ex-biogaz ressemble fort à celui pratiqué en Allemagne. Le montant varie entre 75 €/MWh pour un moteur sur gaz de décharge sans valorisation de la chaleur cogénérée, et 140 €/MWh dans le meilleurs des cas (gaz de digesteur, moteur de moins de 150 kW, taux global de valorisation du biogaz de plus de 75 %).
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