D'après la loi de 1992, le déchet ultime est “un déchet résultant ou non du traitement d'un déchet, qui n'est pas susceptible d'être traité dans les conditions techniques et économiques du moment, notamment par extraction de la part valorisable ou par réduction de son caractère polluant ou dangereux”. Cette définition est précisée dans chacun des plans départementaux en fonction des conditions locales et devrait être appliquée depuis le 1^er juillet 2002.
Ainsi, seuls les déchets dits « ultimes » devraient être mis en décharge.

La circulaire du 22 janvier 1980 distingue trois grandes catégories de centres de stockage au regard de la protection des eaux :

• les centres de stockage de classe III réservés aux seuls déchets inertes (déblais et gravats),
  
• les centres de stockage de classe II destinés aux déchets ménagers et assimilés (déchets industriels banals),
  
• les centres de stockage de classe I susceptibles de recevoir certains déchets dangereux (appelés précédemment  « déchets spéciaux »).

La transposition en droit français de la directive européenne 1999/31/CE du 26 avril 1999 sur la mise en décharge a introduit une notion de durée du stockage pour que les dispositions réglementaires s'appliquent : plus d'un an pour des déchets appelés à rester sur le site, plus de trois ans pour des déchets stockés en vue d'un traitement ou d'une valorisation. Cela permet de clarifier la situation des sites de stockage temporaire (exemple : en zone touristique, stockage par balles au moment de la saison touristique).

Cette directive n'est pas spécifique aux déchets des entreprises. Le dispositif mis en place prévoit en effet trois types de sites, respectivement pour : les déchets dangereux, les déchets non dangereux et les déchets inertes. Elle prévoit aussi la réduction de la mise en décharge des déchets municipaux biodégradables.

La loi 75-633 du 15 juillet 1975 relative à l'élimination des déchets et la récupération des matériaux (modifiée notamment par la loi de juillet 1992 citée ci-dessus) donne la définition des déchets ultimes (article 1) et stipule qu'ils seront les seuls acceptés en décharge à partir du 1^er juillet 2002 (article 2.1).

L'arrêté du 30 décembre 2002 définit la procédure et les critères d'admission en décharge ainsi que les règles d'implantation, d'exploitation, de réaménagement et de suivi post-exploitation de celles-ci, pour les déchets dangereux.
Le stockage des déchets ménagers et assimilés est régi par l'arrêté du 9 septembre 1997 modifié par arrêté du 19 janvier 2006. Cet arrêté, qui fait référence aux installations de stockage de déchets non dangereux, reprécise les modalités d'admission des déchets, les conditions d'exploitation des casiers dédiés au stockage de déchets d'amiante lié ou de déchets à base de plâtre et les conditions dans lesquelles l'accélération de la biodégradation par recirculation maîtrisée d'eaux ou de lixiviats peut être mise en œuvre.
En ce qui concerne le stockage des déchets inertes, il relevait jusqu'à présent d'une autorisation communale au titre du code de l'urbanisme. Aujourd'hui, c'est le code de l'Environnement qui encadre les nouvelles installations de stockage de déchets inertes (CSDU 3).
Deux types d'installations de stockage d'inertes existent.
La mise en décharge des déchets industriels inertes provenant d'ICPE est régie par l'arrêté du 31/12/04, dans le cadre législatif et réglementaire des ICPE (rubrique 167b).
Par ailleurs, les installations de stockage de déchets inertes ne provenant pas d'ICPE sont désormais soumises à l'autorisation du préfet dans le cadre du décret n° 2006-302 du 15 mars 2006. Ce décret précise le contenu du dossier de demande d'autorisation, l'instruction de la demande par le préfet et les conditions d'autorisation et de sanction.
L'arrêté du 15 mars 2006 fixe, quant à lui, les règles d'exploitation du site, les conditions d'admission des déchets (liste des déchets admissibles, critères à respecter), la remise en état du site et des dispositions supplémentaires pour le cas du stockage de déchets d'amiante lié. 
Enfin, le guide des bonnes pratiques publié par le MEDD en 2004 regroupe les prescriptions techniques auxquelles les CSDU 3 doivent répondre.

Le plan régional des déchets industriels (PREDIRA) et les plans départementaux de gestion des déchets ménagers et assimilés programment l'évolution du stockage :

• fermeture et réhabilitation des sites non conformes à l'arrêté de 1997,
• mise en place de filière complète (réduction, valorisation…) pour tous les déchets,
• limitation du stockage aux déchets ultimes,
• création de nouveaux centres de stockage pour tous types de déchets. (cf. chapitre « planification »).

Cependant, la recherche de nouveaux sites est rendue difficile par la réticence des élus et des citoyens à voir venir s'implanter un centre de stockage sur leur commune. Le concept d'éco-citoyenneté est alors remplacé par le syndrome NIMBY(*). L'élaboration des plans qui fixent les besoins en centres de stockage, doit être l'amorce d'un débat nécessaire regroupant tous les acteurs concernés.

Les conditions d'exploitation des centres de stockage et de remise en état des sites renforcent la réduction des risques (principalement liés aux gaz et aux lixiviats). Les conditions d'admission des déchets en entrée ont été définies (décision 2003/33/CE) : le système est fondé sur une liste positive de déchets admis sans test préalable et une liste de déchets interdits. Pour les autres déchets, des tests adossés à des valeurs seuils sont proposés.

Les décharges de classe III qui sont désormais soumises à autorisation du préfet, sont appelées à se développer au niveau de chaque canton (comme le préconisent les plans « BTP ») pour assurer l'élimination des déchets inertes.